公開日 2026/9/15
ふるさと納税は、年末調整では控除の申告手続きができません。「ふるさと納税をしたら年末調整をしないといけないのでは？」と思う方もいるかもしれませんが、控除申告は年末調整ではなくワンストップ特例制度や確定申告によって行います。
ここでは、ふるさと納税と年末調整の関係や寄附金控除の申告方法、ふるさと納税で気を付けるポイントについてわかりやすく解説します。
この記事でわかること
- ふるさと納税は年末調整で控除できず、ワンストップ特例制度や確定申告が必要
- ワンストップ特例制度の期限は、寄附した翌年の1月10日まで
- 確定申告の期限は寄附した翌年の3月15日（土日祝の場合は翌平日）まで
目次
ふるさと納税は年末調整で控除できない
ふるさと納税で支払った寄附金は、年末調整で控除することができません。その理由を詳しく解説していきましょう。
年末調整とは
年末調整とは、毎月の給与などから源泉徴収された所得税の合計額と、本来納めるべき税額の差額を調整するための仕組みです。
毎月の源泉徴収はあくまで概算によって行われるため、実際の納税額とは差額が生じます。そのため、1年間の給与総額が確定する年末に正しい税額を計算し、差額を還付または追加徴収することで精算するのです。
対象となるのは会社員や公務員、派遣社員、パートなどの給与所得者で、通常12月に行われます。
ふるさと納税を年末調整で控除できない理由
ふるさと納税に係る寄附金控除は、制度上、年末調整で適用できる控除の対象外です。
ふるさと納税は12月31日まで受け付けているため、年末調整が行われる時点では1年間の寄附総額が確定していません。そのため、正確な控除額を算出することができず、年末調整の対象外となっていると考えられます。
なぜ「年末調整で控除できる」と誤解されやすいのか
ふるさと納税が「年末調整で控除できる」と誤解されるのは、ほかの控除と混同されやすいためです。
ふるさと納税を行うと、自宅に「寄附金受領証明書」が送付されます。生命保険料控除では、保険会社から送付された書類をもとに年末調整で控除を受けるため、ふるさと納税も同様に書類を提出すれば年末調整で手続きできると思われがちです。
また、住宅ローン控除は初年度のみ確定申告が必要ですが、2年目以降は年末調整で控除が受けられます。この点も、ふるさと納税が年末調整で控除ができると勘違いされやすい要因となっています。
ふるさと納税は、医療費控除と同様に「年末調整では控除できない」ということを押さえておきましょう。
年末調整と確定申告の違いとは
年末調整と確定申告はどちらも税額を精算する手続きですが、申告・納税を行う主体が異なります。
年末調整は勤務先が従業員に代わって税額を申告・納税する仕組みであるのに対し、確定申告は納税者自らが税務署に申告・納税を行います。
会社員は原則として年末調整のみで納税が完結しますが、住宅ローン控除を利用する初年度や、医療費控除を受ける場合などは年末調整とは別に確定申告を行う必要があります。
ふるさと納税の控除の手続き
ふるさと納税の控除の手続きには、「ワンストップ特例制度」と「確定申告」の2種類があります。それぞれどのように控除申請・申告を行うのか確認していきましょう。
ワンストップ特例制度
ワンストップ特例制度とは、確定申告を行わずにふるさと納税の寄附金控除を受けられる仕組みです。
寄附者がワンストップ特例制度によって寄附先の自治体に申請すると、自治体間で連絡が行われ、住んでいる自治体の住民税から控除されます。
ワンストップ特例制度には申請期限が定められており、寄附を行った翌年の1月10日必着で寄附先の自治体宛てに申請書を提出する必要があります。なお、オンラインワンストップ特例制度に対応している自治体では、オンラインでの申請も可能です。
ワンストップ特例制度を利用した場合、控除は翌年6月以降の住民税から適用されます。また、確定申告で控除を受ける場合は所得税と住民税の両方から控除されますが、ワンストップ特例制度では住民税のみからの控除となる点に注意が必要です。
確定申告
確定申告とは、1年間の所得と税額を自分で計算し、税務署に申告する仕組みです。
6つ以上の自治体に寄附を行った方や確定申告が必要な個人事業主・フリーランスの方、住宅ローン（初年度）や医療費控除の手続きが必要な方は、確定申告でふるさと納税の控除を申告する必要があります。
確定申告の際は、寄附先の自治体から送付される寄附金受領証明書や、ふるさと納税ポータルサイトなどの特定事業者が発行する寄附金控除に関する証明書をもとに申告手続きを行います。
確定申告にも申告期限があり、寄附を行った翌年の3月15日（消印有効）までとなります。なお、3月15日が土日祝日の場合は翌平日が期限となります。ただし、確定申告義務がなく還付申告として行う場合は、翌年1月1日から5年間提出できます。なお、国税庁のe-Taxを利用することでオンラインでの申告も可能です。
申告後は所得税が減額されるとともに、翌年6月以降は住民税からも控除が適用されます。ワンストップ特例制度とは異なり、所得税と住民税の両方から控除を受けられる点が特徴です。ただし、確定申告をしても控除される税額の合計は変わりません。
ワンストップ特例制度は使える？あなたに合う手続き方法を確認
ワンストップ特例制度を利用できるのは、1月1日～12月31日までに寄附した自治体が5ヵ所以下、かつ確定申告が不要な方です。なお、同じ自治体へ複数回寄附した場合は、1自治体としてカウントされます。
例えば、下記のような方は、確定申告でふるさと納税の控除を申告する必要があります。
- 6ヵ所以上の自治体にふるさと納税を行った
- 給与収入が2,000万円以上ある
- 医療費控除がある
- 住宅ローン控除（初年度）がある
- 個人事業主である
- 不動産所得がある など
自分がどちらの手続きに該当するか、フローチャートで確認してみましょう。
ふるさと納税で気を付けるポイント
ふるさと納税を行う際は、自己負担が2,000円かかる点や、控除には上限額がある点などに注意が必要です。ここでは、ふるさと納税で気を付けたいポイントを紹介していきましょう。
自己負担が2,000円かかる
ふるさと納税では、寄附額にかかわらず必ず2,000円の自己負担がかかる点に注意が必要です。
ふるさと納税とは、応援したい自治体に寄附を行うことで、寄附額のうち2,000円を超える部分が税金から控除される仕組みとなっています。30,000円を寄附した場合、そのうち28,000円分の税金が控除されます。例えば、80,000円を寄附した場合も同様に、控除されるのは78,000円分ということです。
全額が控除されるわけではない点をあらかじめ留意しておきましょう。
控除には上限額がある
ふるさと納税の寄附金控除には上限額があり、上限を超えた寄附額は全額自己負担となります。上限額は年収や家族構成などによって異なるため、事前に自分の上限額を確認しておくことが重要です。
寄附金控除の上限額の目安は、ふるさと納税ポータルサイトのシミュレーション機能で手軽に確認できます。年収や家族構成を入力するだけで簡単に試算できるほか、源泉徴収票の情報を入力することでより詳細な金額を算出することも可能です。
確定申告が必要な人はワンストップ特例制度を利用できない
確定申告が必要な人は、ワンストップ特例制度との併用はできません。ワンストップ特例制度を申請済みであっても、その後に確定申告を行った場合はワンストップ特例制度の申請が無効となるため、確定申告でふるさと納税の控除を申告し直す必要があります。
医療費控除や住宅ローン控除（初年度）など確定申告を行う必要がある方は、ふるさと納税の控除も確定申告でまとめて申告するようにしましょう。
ふるさと納税は「Vふるさと納税」がおすすめ！
ふるさと納税ポータルサイトの「Vふるさと納税」は、返礼品数が豊富で探しやすいだけでなく、Vポイントを寄附に使えてお得です。ここでは、三井住友カードユーザーにおすすめのVふるさと納税の特徴を紹介していきましょう。
豊富な返礼品数と自治体数！
Vふるさと納税は、日本最大級のふるさと納税ポータルサイト「ふるさとチョイス」と連携しています。全国約1,700の自治体、食品・日用品など90万点以上の返礼品がラインナップされており、豊富な寄附先から選ぶ楽しみがあります。
返礼品は約200のカテゴリに分類されているので、ニーズに合わせて検索しやすいのも便利なポイントです。
三井住友カードで寄附するとVポイントが貯まる
Vふるさと納税をVポイントが貯まる三井住友カードで寄附金を支払うと、寄附金額に応じてVポイントが付与されます。貯まったポイントは、Vふるさと納税の寄附や普段の買い物など幅広いシーンでご活用いただけます。
ふるさと納税は寄附金額が比較的高くなることもあるため、効率よくポイントを貯められるのが嬉しい魅力です。
Vポイントを寄附に使える唯一のサイト！
Vふるさと納税では、Vポイントを1ポイント＝1円分として寄附金の支払いに使うことができます。
貯まったVポイントを寄附に利用すれば、手持ちの現金を使わずにふるさと納税ができ、よりお得に返礼品を受け取ることができるでしょう。
また、寄附に使うVポイントは、1ポイント単位で自由に決められます。「全額ポイントで寄附する」という方法のほかに、クレジットカードとポイント払いを組み合わせて使うことも可能です。
なお、Vポイントを使って寄附した場合でも、現金で支払った場合と同様に、所得税の還付や住民税の控除対象となります。
三井住友カードのVpassと連携できるから簡単・安心！
Vふるさと納税は、三井住友カード会員向けサービスVpassと連携できることも特徴です。すでにVpassを利用している方は、簡単にVふるさと納税の会員登録が行えます。
会員登録後はVpassからシームレスに使えるので、その都度Vふるさと納税にログインせずに利用できます。
ふるさと納税はワンストップ特例制度か確定申告で控除の手続きをしよう
ふるさと納税の控除手続きは年末調整では行えず、ワンストップ特例制度の申請もしくは確定申告をする必要があります。寄附先の自治体が5ヵ所以下で確定申告が不要な方はワンストップ特例制度、それ以外の方は確定申告で手続きを行いましょう。
いずれの手続きにも期限が定められているため、余裕を持って手続きを進めることが大切です。
よくある質問
ふるさと納税は、年末調整で控除を受けることができません。ふるさと納税の寄附総額は12月31日まで確定しないため、年末調整の時点では正確な控除額を算出できないためです。寄附金控除の適用を受けるためには、ワンストップ特例制度もしくは確定申告によって手続きを行う必要があります。
ふるさと納税は年末調整で控除できない
ふるさと納税の控除の手続きには、ワンストップ特例制度と確定申告の2種類があります。ワンストップ特例制度は、寄附先の自治体が5ヵ所以下で確定申告が不要な方が対象です。一方、寄附先の自治体が6ヵ所以上の方や、医療費控除・住宅ローン控除（初年度）など、ほかの控除のために確定申告を行う方、個人事業主やフリーランスの方は、確定申告によってふるさと納税の控除を申告する必要があります。
ワンストップ特例制度は使える？あなたに合う手続き方法を確認
ふるさと納税では、寄附額から自己負担の2,000円を差し引いた金額が控除されます。例えば、80,000円を寄附した場合、78,000円分が所得税・住民税から控除されます。ただし、控除には上限額があり、年収や家族構成などによって異なります。上限額を超えた分は全額自己負担となるため、事前にふるさと納税ポータルサイトのシミュレーション機能で上限額を確認しておくとよいでしょう。
自己負担が2,000円かかる
控除には上限額がある
この記事の監修者
安田亮（やすだりょう）
公認会計士・税理士・1級FP技能士
1987年香川県生まれ、2008年公認会計士試験合格。大手監査法人に勤務し、その後、東証一部上場企業に転職。連結決算・連結納税・税務調査対応などを経験し、2018年に神戸市中央区で独立開業。
安田亮公認会計士・税理士事務所
- 2026年9月時点の情報のため、最新の情報ではない可能性があります。
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